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ルート攻略 
- NINJA Gaiden2チャプター1「東京摩天楼」
と基本的には同じ。途中でチュートリアルのムービーなどが出てくるが序盤戦はXBOX360版と同じ。
ボス攻略
棍棒を入手する直前で新しいボス、大仏との戦闘が新しく発生する。
(NG2では坂を下って、弓を使う忍者が登場する辺りにムービーが挿入された)
- 大仏
- 基本はどちらかの手の外側に張り付き、大仏の攻撃をかわし、大仏の攻撃の隙に手を攻撃する。仰け反ったら急いで移動し、もう片方の手も同様に攻撃する。最後はへたり込むのが、滅却できないので頭を集中攻撃すれば終わり。なお忍術は効かない上、下手をすると大仏に回復されてしまうので出来る限りは使わないようにすること。下から生える光の柱は、手が下に戻った際に殴れるように、手前に半円を描くように裏風等で回避しよう。光線からの火柱は手前に引いて火柱の位置を調節し、光線が走ったら大仏の手元に戻れるように動くべし。
- 基本はどちらかの手の外側に張り付き、大仏の攻撃をかわし、大仏の攻撃の隙に手を攻撃する。仰け反ったら急いで移動し、もう片方の手も同様に攻撃する。最後はへたり込むのが、滅却できないので頭を集中攻撃すれば終わり。なお忍術は効かない上、下手をすると大仏に回復されてしまうので出来る限りは使わないようにすること。下から生える光の柱は、手が下に戻った際に殴れるように、手前に半円を描くように裏風等で回避しよう。光線からの火柱は手前に引いて火柱の位置を調節し、光線が走ったら大仏の手元に戻れるように動くべし。
- 闇の羅刹
- □△始動で空中でいくつか技を出して（□□や手裏剣等）滞空時間を延ばし、ハヤブサが空中にいる間に投げをスカらせ、着地したらまた□△につなぐ。龍剣も棒もこれでハマる。無印２とは違って雑魚がわかない1on1なので苦労することはない。棒がLv2になっていれば、離れて１回転絶技をしているだけで倒せる。
- □△始動で空中でいくつか技を出して（□□や手裏剣等）滞空時間を延ばし、ハヤブサが空中にいる間に投げをスカらせ、着地したらまた□△につなぐ。龍剣も棒もこれでハマる。無印２とは違って雑魚がわかない1on1なので苦労することはない。棒がLv2になっていれば、離れて１回転絶技をしているだけで倒せる。
- 大仏２戦目
- 基本的には１戦目と同じだが、耐久力が上がっているので両腕を１度壊しただけでは倒せない。同じようにもう一度両腕を壊した後、倒れたら滅却を決めよう。倒れ込む際は、真下にいると食らうので注意。
悟り・超忍攻略
主な敵である地蜘蛛忍者が悟りでは機甲忍者に、超忍では白地蜘蛛に変わる。また、鉤忍・妖忍もそれぞれ暗黒鉤忍と金妖忍に変化する。
だが、真の問題は敵の種類が変化する事よりも攻撃力が大幅に跳ね上がる事であろう。
特に超忍では欠損忍者に自爆されて即死、暗黒鉤忍に吹っ飛ばされ壁ダメージ込みで即死、金妖忍の妖術で即死、投げられて即死と、どうあがいても即死祭りとなる。
チャプター1から容赦ない洗礼が浴びせられることになるが、何度もやり直していくうちに少しづつでも突破の糸口を掴むことが出来るはずだ。
恐るることなかれ、忍びとして立つのだ。忍々。腰丸。
水晶ドクロのありか
- 屋根の上
- 普通に届かないならジャンプ→手裏剣→飛燕（↑+Ｙ）ってやればすっごく飛ぶよ！飛ぶよ！
- 右端の板の間が少し張り出してるから、端ギリギリで踏み切る感覚で前ジャンプすれば誰でも跳べるはず
- 爆裂矢打ってくる敵の所
- 弓忍始末したら桜の木に向かって駆け上って飛鳥返しで軒先に上る（弓忍がいた方見て右手の壁の）
